为深入贯彻落实习近平生态文明思想，根据《中央生态环境保护督察工作规定》，中央第二生态环境保护督察组（以下简称督察组）对山东省开展了第二轮生态环境保护督察。2021年11月19日，中央生态环境保护督察工作领导小组第四次会议审议通过督察报告。经党中央、国务院批准，督察组于2021年12月14日向山东省委、省政府进行反馈。督察组组长朱之鑫通报督察报告，山东省委书记李干杰作表态发言，山东省省长周乃翔主持会议。叶民副组长，督察组有关人员，山东省委、省政府有关领导、有关部门和各地市党政主要负责同志等参加会议。
督察认为，山东省深入贯彻落实习近平生态文明思想和习近平总书记视察山东时的重要讲话精神，积极推进黄河流域生态保护和高质量发展，全力打好污染防治攻坚战，工作力度较大，取得较大成效。
山东省把生态文明建设放在全局工作突出位置，2018年以来召开两次全省生态环境保护大会。制定《关于统筹推进生态环境保护与经济高质量发展的意见》，用经济和环境“双指标”综合评价区域发展质量。强化南水北调水质保障，排查南四湖流域入河湖排污（水）口1.2万余个。实施两轮“四减四增”三年行动，2019年以来压减焦化产能1506万吨。
山东省高度重视此次督察工作，边督边改、立行立改，解决一批群众身边的生态环境问题。截至2021年11月底，督察组交办的7106件群众举报问题均已办结或阶段办结，其中责令整改2651家；立案处罚372家，罚款4657万元；立案侦查17件，拘留13人，约谈27人，问责146人。
督察指出，对标习近平总书记重要指示批示精神，呼应广大人民群众对优美生态环境的热切期盼，山东省工作仍有差距，一些突出生态环境问题亟待解决。
一是一些地方和部门贯彻落实习近平生态文明思想还不到位。
一些领导干部对生态环境保护的紧迫性和艰巨性认识不足，取得阶段性成效后出现松劲心态。虽然近年来南四湖水质总体保持稳定，但湖区生态破坏问题时有发生，流域内截污纳管工作推进滞后；南四湖省级自然保护区被非法侵占。一些地方忽视对山水生态原真性和完整性的保护，东平湖市级湿地自然保护区核心区、缓冲区内的非法旅游活动直到2021年3月被国务院有关部门通报后才停止。东平县政府和泰安市林业局为在保护区缓冲区内修建道路出具虚假申报材料，编造新建道路仅占用实验区的假象，建成的道路实际侵占缓冲区102.5亩。
一些地方“两高”项目违规问题突出。2018年以来全省新建的206个“两高”项目，有114个存在违规行为。济宁市、泰安市分别违规建成焦化产能260万吨/年、400万吨/年。省工信厅既不努力控制新增违规产能，也不下力整治既有违规产能，甚至提出以产量控制代替产能压减，但也未有效落实。第一轮督察整改方案要求停产封存的鑫华特钢违规产能被用于其他新建项目的产能置换。2020年以来，山东宇信铸业有限公司等4家企业违规生产和销售炼钢生铁及铁水72万余吨。临沂市山东临港有色金属有限公司违规生产炼钢生铁104万吨。东营市列入清单管理的19个地方炼油项目均为违规备案建设，涉及产能6040万吨/年。清单外的山东广悦化工有限公司违规新增炼油能力360万吨/年；东辰控股集团有限公司石化分公司等3家企业的常减压装置，均属国家明令淘汰的落后产能。
2021年9月，中央第二生态环境保护督察组在山东省滨州市惠民县现场检查落后产能淘汰情况。
一些地方重发展、轻保护，忽视盲目发展带来的环境风险隐患。2017年至2019年，潍坊诸城市陆续在三里庄水库饮用水水源保护区内违规审批正大繁华新城等5个建设项目，占用二级保护区1141亩，还于2020年推动违规调整保护区范围。济南市泉域重点渗漏带被大量开发侵占，2019年发布的《济南市名泉保护总体规划》降低重点渗漏带管控要求，为开发建设“开口子”，一大批项目得以规避要求违规建设。
部分企业为完成减煤任务，用兰炭等高污染燃料替代煤炭，以减少统计数据中的“煤炭消费量”。烟台莱阳市不仅未按整改方案要求暂停陆海交叉管理区域内项目施工，还继续为违规项目发放施工许可证15张。青岛市未严格落实整改要求，2018年9月以来陆续在海域范围内违规办理用地手续157宗，占用海域566.8公顷。
二是黄河流域生态保护仍有差距。
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